Author

Nicolas Barrier

Published

March 10, 2026

Documentation ISDM-MESO

Bienvenue dans la documentation du cluster ISDM-MESO. Ce document fournit des informations concernant l’utilisation du cluster ISDM-MESO au sein de MARBEC

Caractéristiques

Au sein d’une convention signée entre MARBEC et l’ISDM-MESO, le personnel MARBEC a accès, de manière exclusive, à:

  • 6 noeuds de 28 coeurs
  • 100 To de stockage

Inscription

Pour obtenir un compte sur le calculateur ISDM-MESO, il faut:

Support

Le support de ISDM-MESO est accessible ici: https://tickets.meso.umontpellier.fr/. La connection se fait avec les identifiants fournis par ISDM-MESO lors de la demande d’ouverture de compte.

Documentation

La documentation complète du cluster est accessible ici: https://docs.meso.umontpellier.fr/fr/home

Par ailleurs, une documentation, fournie par les membres de l’UMR AMAP, est aussi disponible ici: https://site.amaplab.fr/polis/dev

Ci-dessous, un résumé de la documentation adapté aux usages de MARBEC est proposé.

Connexion

Pour se connecter au cluster, ouvrir un Terminal ou une application type MobaXTerm et taper:

ssh -X barriern@io-login.meso.umontpellier.fr

en remplaçant barriern par votre login.

Premiere utilisation

Lors de votre première connexion, ouvrir le fichier .bashrc (en utilisant n’importe quel éditeur de texte, comme nano, vi ou gedit) et y ajouter la ligne suivante:

export MODULEPATH=/home/barriern/work_marbec/marbec_module/modulefiles:$MODULEPATH

Ceci vous permettra d’accèder à des modules supplémentaires compilés par les membres du DEN

Gestion des espaces

Sur ISDM-MESO, les dossiers sont organisés de la manière suivante (cf. documentation)

  • le dossier $HOME (180Go), dossier personnel qui contient les code source, scripts, petits fichiers de conf/résultats, logiciels perso (conda envs…​).
  • le dossier /scratch/users/LOGIN, qui est un espace de travail personnel temporaire pour les données des jobs en cours. Il permet des I/O intensifs, gros fichiers temporaires/résultats intermédiaires (remplacer LOGIN par votre login)
  • les dossiers /scratch/projects/PROJET, qui sont des espaces de travail partagés temporaire pour les données des jobs en cours. Il permet des I/O intensifs, gros fichiers temporaires/résultats intermédiaires (remplacer PROJET par un nom de projet auquel vous êtes associé)
  • les dossiers /storage/simple/projects/ qui sont des espaces de stockage partagés pour des données communes à conserver longtemps (sorties de modeles, forcages, etc.)
Warning

Les données des espaces temporaires (scratch) sont supprimés tous les 2 mois. Il ne faut pas stocker de données dans ces espaces

Modules

La gestion des modules sur ISDM-MESO est un peu archaique.

Soumission de jobs

La soumission de jobs est gérée par l’ordonnanceur SLURM.

Job non interactif

La soumission d’un job non interactif se fait via l’écriture d’un fichier de soumission de job (format .slurm), de cette forme là:

##!/bin/bash

#SBATCH --job-name=orca2_fishing
#SBATCH --time=160:00:00
#SBATCH --ntasks=168
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=128G
#SBATCH --partition cpu-dedicated
#SBATCH --account=dedicated-cpu@marbec-scenlab
#SBATCH --qos=dedicated

export MODULEPATH=/home/barriern/work_marbec/marbec_module/modulefiles:$MODULEPATH
module purge
module load io-local
module load openmpi/psm2/gcc75/3.1.6
module load netcdf

cd /scratch/users/barriern/
srun program.exe >& compute.log
  • Les lignes commencant par #SBATCH sont les reglages du job (et non des commentaires!). La description des parametres est fournie Table 1.
  • Ensuite, les modules utilisés par le job sont chargés
  • Puis on se deplace un des espaces de travail temporaires (/scratch)
  • Et enfin on lance le job parallèle avec la commande srun.
Warning

Un job soumis ne pourra écrire que dans un espace /scratch. Si le job est execute dans un autre espace, alors les fichiers de sortie ne seront pas ecrits

Table 1: Description des parametres d’un job SLURM
Parametre Description
--job-name Nom du job
--time Walltime demande pour le job
--ntasks Nombre de processus demandés
--cpus-per-task Nombre de coeurs par tâche
--mem Mémoire demandé
--partition Partition pour le calcul
--account Compte pour le calcul
--qos QOS utilise
Warning

Les parametres partition, account et qos ne doivent pas etre changes pour beneficier de l’utilisation des ressources allouees a MARBEC

Job interactif

Pour soumettre un job interactif, il faut utiliser la commande salloc:

salloc --partition cpu-dedicated --account=dedicated-cpu@marbec-scenlab --qos=dedicated

Il est aussi possible de spécifier d’autres arguments (--mem, --ntasks, etc.)

Notebooks

Pour lancer des modes de calcul interactifs de type Jupyter ou RStudio Server, il faut se connecter au lien suivant: https://io-ood.meso.umontpellier.fr/

Figure 1: Connexion à la plateforme Open On Demand d’ISDM-MESO

Il faut ensuite cliquer sur Interactive Apps et choisir l’application voulue. Ensuite, il suffit de renseigner les bonnes informations concernant les QOS, comme indiqué sur la Figure 2

Figure 2: Connexion à la plateforme Open On Demand d’ISDM-MESO
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